После нескончаемой войны с метастриомическими Силами, могучая организация Секрета Секрутарум к которой вы принадлежите, наконец-то готова уничтожить упрямую Федерацию, даже не смотря на интенсивную борьбу за власть и могущество.
Персонаж за которого предстоит играться, пробуждается в необычной пещере под Новым Эденом опосля ожесточенного боя, в котором он увидел как погибли его товарищи. Персонаж все еще помнит что он член секретного сообщества E.Y.E, которая впрямую связана со Секретой Секрутарум. Этот одиночка попробует нанести удар всевластной Федерации, коалиции из нескольких миров правящая стальной рукою.
Он быстро осознает что его организация, E.Y.E, заполнена внутренними конфликтами. Между фракциею Дьянь и Калтер вражда. Игрок будет быстро разорван между его вышестоящим и главой Секреты: командир Риманах который сепаратист с большой амбициею и его друг инструктор, которого зовут "Ментор". Ментор пытается любой ценой соединить две противоборствующие, но родные фракции. Игрок оказывается посреди братоубийственной войны, политическими комплотами и борьбой за власть, в которой переплетены различные группы и мега-компании.
В таком контексте проблем и конфигураций на человечество нападает сила неизвестного происхождения, которое использует людей для их же самоуничтожения.